Hay que tener en cuenta que la taxonomía actual no es inamovible. Una cuestión fundamental es qué entendemos por especie. Según la definición tradicional el "concepto biológico de especie" dos animales pertenecen a la misma especie cuando pueden aparearse y tener descendencia fértil. Sin embargo, recientemente muchos biólogos han adoptado el concepto filogenético según el cual las poblaciones que han permanecido aisladas suficiente tiempo como para que en ellas evolucionen diferencias genéticas significativas se consideran especies distintas, puedan o no tener descendencia fértil si se aparean entre sí.
Los datos de la genética moderna han sugerido revisiones taxonómicas en muchos grupos de animales. Por ejemplo, análisis genéticos recientes han aportado pruebas sólidas sobre la división de las ballenas francas en tres especies; la del Atlantico Norte, la del Pacífico Norte y la meridional; antiguamente, las ballenas francas se divían solo en dos especies (septentrional y meridional) o bien en tres subespecies englobadas en la misma especie. La nueva clasificación refleja la aceptacion filogenética de especie y, aunque las ballenas francas del Atlántico Norte y las del Pacífico Norte se podrían reproducir con éxito si entraran en contacto, está claro, en vista de los resultados de los análisis genéticos, que no se cruzan entre sí y que llevan mucho tiempo sin mezlcarse genéticamente. Así pues, estas dos poblaciones siguen dos trayectorias evolutivas diferentes, por lo que deberían considerarse especies distintas.
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